La tensión entre ambos culminó en una violenta discusión, tras la cual, el 19 de marzo de 1827, dejó el hogar y el mes siguiente apareció en Boston. Aquí publicó Tammerlane and Other Poems, pequeño volumen de versos que apenas atrajo la atención. Con el nombre de Edgar Allan Perry se alistó en la marina y fue destinado a la isla de Sullivan, de la que más adelante haría una vívida descripción en The Gold Bug (1843). En 1829 ingresó en la academia de West Point. No le gustó la vida de aquel centro e hizo lo posible por que lo expulsaran, lo que consiguió en marzo de 1831.

Tras su expulsión empezó verdaderamente su carrera literaria. En 1835 ingresó en la redacción del Southern Literary Messenger, de Richmond, y allí se marchó a vivir con su tía Mary Clemm y la hija de ésta, Virginia, con las que ya había vivido antes en Baltimore (1829-30). El 16 de mayo de 1836 se casó con Virginia, que todavía no había cumplido los 14 años. En 1837 se trasladó con su familia a Nueva York, donde publicó su novela más larga, Tha Narrative of Arthur Gordon Pimm, que tampoco fue un éxito. Luego marchó a Filadelfia y escribió The Conchologist's First Book (1839) y Tales of the Grotesque and Arabesque (1840). En 1844 volvió a Nueva York y vio llegarle la fama con The Raven. En 1846 se trasladó a una casita de campo en Fordham para atender a su esposa, inválida, que murió el 30 de enero de 1847. Después de la muerte de Virginia sólo publicó un libro, Eureka, a Prose Poem (1848), que el poeta consideró su obra cumbre, juicio que no ha compartido la crítica, que sigue prefiriendo su alucinante Ulalume (1847) y su lírica Annabel Lee (1849).